在物理界目前很熱門也很頭痛的議題是「自由意志」。若物質宇宙是唯一的實存，這就是說除了物質（和能量）之外，宇宙間就不再有別類的存在。精神世界只不過是物質領域一些交互作用所產生的現象而已。人的思想也是人大腦結構中的一些極複雜的物理化學現象而已，現在我們已經可以用思想（腦波或EEG）控制體外義肢的一些簡單的運作。

比方美國人J. Matheny因患癌症而失去了左手，約翰霍普金斯大學應用物理實驗室歷經十年，在2018年為他裝置義肢，他可以用思想控制義肢的手腕及手指，甚至彈鋼琴。他想做什麼，就由大腦及神經系統來執行。大腦裡的信號是可以用電磁感應的手法攝取，再利用體外機器來付諸實現。

台灣中央大學認知神經科學研究所的吳嫻教授，曾在2016年一次TED演講中報告有關「如何用科學方法驗證『自由意志』是否存在？」的研究，指出有不少科學證據，都指向：人在作一個自以為自由選擇的動作（比方用指頭按左鍵或右鍵）幾秒鐘之先，他的大腦裡就先形成這個決定的訊號，才使那人做出那相應的決定。也就是說，那人有意識要做決定之前，大腦已經為他做了決定，他只是做他的大腦想要他做的，而不是他要他的大腦去做的。這樣說來，自由意志只是個「幻覺」而已。

這類的實驗很難設計，所得的數據也很難正確地分析，科學家現在還沒走到能肯定地判斷人有沒有自由意志的地步，但這類實驗的基礎，仍建構在「思想只是一種純物質現象」的理論根基上。

像思想這麼複雜的現象，我們現在還不能理解其運作的奧妙，但是相信假以時日，科學家必然能創造足夠高明的計算機（名副其實的「電腦」），單單測量你現在在想什麼，就可以預測你將來必然要想什麼了。換句話說，如果思想只是個物質現象，人就沒有「自由意志」可言了。我們都只不過是這宇宙中上台片刻、不情願的臨時演員而已。

在量子力學問世以後，有人認為它帶進了自然現象的「非確定性(Quantum Indeterminism)」，以為一個現象在時空中的軌跡是不能完全預測的，愛因斯坦一直不認為這是實存的真相，但是由於著名的「貝爾不等定律」被實驗否定，因而肯定了量子力學沒有錯誤，所以有人以為量子力學可能成為人可以有自由意志的出路。然而近年更新的理論推翻以前的看法，產生一種「超決定論(Superdeterminism)」，重新肯定一切的自然現象都在自然律的嚴格管制下，自由意志是不可能存在的。

如真是這樣，我們就可以想像有朝一日發明出上述的電腦，將可以預測你在20年後會去搶某家銀行，你屆時真的這麼去做了，法院還可以判你有罪嗎？因為你是不能不這麼做的。沒有自由意志，也就沒有所謂的道德與善惡。

可是我們都覺得人共有的道德意識，是內建在每個人的心中，這道德感是出於我們知道我們有自由意志，所以需要對我們的行為負責。同時，我們若要證明科學的理論是正確的，我們必須要選擇設計某種實驗來證明那理論無誤，我們必須要能自由地決定怎麼來設計這個實驗，來證明宇宙萬物是不是都已經先確定了（預定）。

這就不免會產生出一個無法避免的悖論：如果一切都是預先決定好的，我設計驗證這理論的實驗必是預先就設定的，所以不是一個有任何意義的測試，我們也無從知道這宇宙是否真是預定的了。因此一個有意義的宇宙，是個有自由意志的宇宙；故此我們也可以說，在這「超決定論」管轄的物質世界之外，一定還有一個非物質的境界存在，那是不受一般自然律管轄的屬靈領域。

《聖經》記載當上帝創造了人，就吩咐他說：「園中各樣樹上的果子，你可以隨意吃」。「隨意」就是自由意志，上帝在起初就把自由意志賜給了人，讓人與萬物有別，而與祂自己相似。這是更好的解釋。

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