食用木瓜能增進健康，有防癌及保護心血管功能，也有助腸道蠕動
有保護心血管功能
木瓜又稱「萬壽果」，含有多種糖類、維生素A、B1、B2、C、E、鈣、磷、鐵、鉀、鈉、鋅、木瓜蛋白酶(Papain)、木瓜鹼(Carpaine)，且含抗氧化物質，能增進健康，有防癌及保護心血管功能。同時，木瓜也是一種很好的纖維來源，有助腸道蠕動。
由於木瓜含有大量的抗氧化劑、維生素C和維生素A，能預防動脈粥樣硬化(Atherosclerosis)，可能有助糖尿病所引發的心臟病，因為這些營養成分能幫助防止膽固醇氧化；當膽固醇被氧化時，會黏附並積聚在血管壁上，最終導致心臟病發作或中風。加上木瓜中的葉酸，可以把高半胱氨酸(Homocysteine)轉化為良性氨基酸，半胱氨酸是血液中的常見氨基酸，跟心臟病的早期發展有關，未經轉化的高半胱氨酸，會直接損害血管壁。
此外，木瓜含有木瓜蛋白酶，能分解食物中的脂肪，轉變為脂肪酸，使脂肪易於消化吸收；亦同時有助蛋白質消化，調節胰腺分泌的蛋白酶，能控制胰腺分泌胰素，使糖尿病患者得益。木瓜含有幾種獨特蛋白質消化酶，包括木瓜蛋白酶和乳糜蛋白酶，有助於減輕炎症和改善燒傷癒合的作用。
木瓜鹼是木瓜的植物性化合物之一，有抗腫瘤作用；同時，木瓜鹼亦具有緩解痙攣、疼痛的作用。木瓜所含有的抗氧化維他命A、β-胡蘿蔔素及蕃茄紅素，亦可以預防癌症。木瓜所含的抗氧化劑β-胡蘿蔔素，有助預防早期年齡相關性黃斑變性ARMD（這是一種與視力喪失有關的嚴重疾病），因為抗氧化劑主要作用是中和自由基，自由基是人體新陳代謝過程中產生的反應性分子，可以促進氧化應激(Oxidative Stress)，從而導致疾病，而β-胡蘿蔔素是特別有效地對抗眼部的自由基。
此外，木瓜中的抗氧化營養素，包括維生素C和β-胡蘿蔔素，也有助於減輕炎症。因此，一些患有炎症，例如哮喘，骨關節炎和類風濕性關節炎的人，可以多吃木瓜，讓他們攝入更多的抗氧化營養素，有助於減低病情的嚴重性。
在選購木瓜時，要採購果皮細嫩光滑，綠中帶黃，果皮上有薄粉，瓜蒂有漿液；按瓜蒂處有軟感顯示已成熟，未熟的木瓜，須放到陰涼通風處候熟，或在煮熟後才進食。
木瓜雖然有眾多益處，但是大多數健康專家建議，孕婦避免食用木瓜，因為特別是未成熟的木瓜乳膠含量很高，會刺激子宮收縮，木瓜中的木瓜蛋白酶成分，可能會破壞體內某些對胎兒發育至關重要的膜，但另一方面，木瓜乳膠對授乳的母親卻有催奶作用。還有，木瓜纖維含量高，過量食用可能導致胃部不適，甚至引起腹瀉。